清除咗菌斑和牙石只系牙周治療嘅第一步，尚唔得保證牙周炎嘅長期療效，因為菌斑喺牙面上時刻不斷地形成。因此喺治療前和治療中，患者必須明確菌斑嘅危害，能堅持唔懈地有效清除菌斑。3.全身和局部嘅葯物治療 慢性牙周炎對潔治和刮治有較好嘅反應，大多數輕、中度患者喺根面平整後，組織能順利愈合，除非出現急性症狀，一般唔需使用抗菌葯物。對一些炎症嚴重、肉芽組織增生嘅深牙周袋，喺刮治後可適當地用葯物處理袋壁。4.手術治療 基礎治療後2-3個月時，應復查療效，若仍有5mm以上嘅牙周袋，且有些部位嘅牙石難以徹底清除，探診仍有出血，則可考慮進行牙周手術，喺直視下徹底刮除根面或根分叉處嘅牙石及唔健康嘅肉芽組織;還可喺術中修整牙齦和牙槽骨嘅外形、植骨或截除嚴重嘅患根等，通過手術改正牙周軟硬組織嘅外形，形成一種有利於患者控制菌斑嘅生理外形。5.建立平衡嘅咬合關系 重症牙周炎患者有松動移位嘅牙齒，可發生繼發性咬合創傷，甚至缺牙。呢些都需要咬合治療嚟解決，如調磨牙齒消除咬合干擾;如果松牙不再繼續加重，且無功能障礙，則唔使作特殊處理;若松牙妨礙食嘢，且繼續加重，則需加以固定。有些患者還可通過正畸治療嚟矯正移位嘅牙齒。
喺制訂治療計劃時，應針對容易導致牙周炎加重或復發嘅局部因素或全身性牙煙因素進行干預和處理，例如改正唔良修復體、調整咬合、解除食物嵌塞等。對患有某些系統性疾病如糖尿病、心血管疾病等嘅慢性牙周炎患者，應積極治療並控制全身病，以利牙周組織愈合。 吸煙者對牙周治療嘅反應差，應戒煙。戒煙者經過徹底嘅牙周治療後，將出現良好嘅療效。8.維護期嘅牙周支持治療
大多數慢性牙周炎患者喺經過恰當嘅治療後，炎症消退、病情得到控制，但療效嘅長期保持卻有賴於患者堅持有效地菌斑控制，以及定期嘅復查、監測和必要地重復治療，否則病情將喺數周至數月內復發，治療歸於失敗。復查嘅間隔根據病情和患者菌斑控制情況嚟定，治療剛結束時應勤復查，對於病情穩定、自我維護意識強嘅患者，可逐漸延長間隔期。
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6.掹牙 對於有深牙周袋、過於松動嘅嚴重患牙，如確已無保留價值者，應盡早掹除，咁可以： ①消除細菌聚集部位; ②有利於鄰牙嘅徹底治療; ③避免牙槽骨繼續吸收，以利鑲牙或種植牙; ④避免反復發作牙周膿腫; ⑤避免因患牙松動或疼痛而使該側唔敢咬嘢。7.消除牙煙因素